Organizacja

W strukturze organizacyjnej IO PAN wyodrębnia się piony organizacyjne:

1. Pion Dyrektora
2. Pion Naukowy, którym kieruje Z-ca Dyrektora ds. Naukowych
3. Pion Finansowo-Administracyjny, którym kieruje Z-ca Dyrektora ds. Finansowo-Administracyjnych
4. Pion Zarządzania Danymi i Infrastrukturą IT (Narodowe Centrum Danych Oceanograficznych)
5. Pion Naczelnego Inżyniera

Dyrektorowi IO PAN bezpośrednio podlegają:

1. Z-ca Dyrektora ds. Naukowych
2. Z-ca Dyrektora ds. Finansowo-Administracyjnych
3. Narodowe Centrum Danych Oceanograficznych
4. Naczelny Inżynier
5. Dział Kadr
6. Inspektor Ochrony Danych Osobowych
7. Stanowisko ds. Obrony Cywilnej i Ochrony Informacji Niejawnych
8. Stanowisko ds. BHP i Ochrony P/POŻ
9. Sekretariat 

Relacje pomiędzy poszczególnymi komórkami organizacyjnymi i sposób ich podporządkowania pokazuje schemat organizacyjny.